有些菜农认为菌肥不能和化肥混合。混合后，高浓度化学物质菌肥中的活性菌，菌肥失效。菌肥中营养物质含量低，单独使用难以满足作物生长的需要。菌肥可与化肥混合使用，如过磷酸钙等。施土后易固定，与生物有机肥混合使用可减少营养物质的固定和损耗。另外，单独施用大量化肥和化肥不均匀时，容易对作物产生毒副作用。当有机肥厂家发现与菌肥混合时，生物有机肥，这样的问题就会减少。
土壤中施用大量菌肥，虽然没有烧根现象，生物肥有机肥，但并不是越多越好。生物菌肥量施用生物菌肥不会像化肥一样烧掉蔬菜根，襄阳生物有机肥，但是蔬菜和植物中盐的积累会增加，生物有机肥生产线，有害消费者的健康和土壤质量会恶化，但是肥料的投入成本会增加，蔬菜的栽培效率会降低。因此，有机肥制造商建议根据作物需求和土壤养分情况科学确定生物肥的施肥量，达到增产增收的目的。
以补充氧气、低降碳氮比值、改善微生物的营养状况，加速腐熟。
沼气肥
作物秸秆、青草和人粪尿等在沼气池中经微生物发酵制取沼气后的残留物。富含有机质和必需的营养元素。沼气发酵慢，有机质消耗较少，氮、磷、钾损失少，氮素回收率达95%、钾在90%以上。沼气水肥作旱地追肥；渣肥作水田基肥，若作旱地基肥施后应复土。
20世纪40年代，美国颁发了生物杀虫剂许可证，至今已有20多种不同的微生物产品为这一目的而使用。
1937年，苏联微生物学家克拉西尼科夫和密苏斯金研制了“固氮菌剂”。从而了细菌肥料的先河，由于种种原因，这种微生物肥料都先后停止了大规模生产。1940年前后，亚洲研制了一种以蓝细菌（藻类）为主而用于稻田的生物肥料。
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