有机化肥，区别于无机化肥，主要包括有机肥料、生物有机肥、复合微生物肥料、有机无机复混肥料等，参照标准分别是NY525-2012、NY 884-2012、NY 798-2015、GB/T18877-2009，根据标准要求，需要检测的指标是有机质的质量分数、总养分（氮+五氧化二磷+氧化钾）的质量分数、水分（鲜样）的质量分数、酸碱度（PH）、总砷、总汞、总铅、总镉、总铬、蛔虫卵死亡率、粪大肠菌群数、有效活菌数、杂菌率、粒度、氯离子的质量分数。有机肥料NY525-2021新修订标准将在2021年06月01日实行，改变了有机质和总养分的数值，增加了种子发芽率、机械杂质、杂草种子活性等指标要求。
生物有机肥常用的施肥方法
撒施法：结合深耕或在播种时将生物有机肥均匀地施在根系集中分布的区域和经常保持湿润状态的土层中，做到土肥相融；
条状沟施法：条播作物或葡萄、猕猴桃等果树，开沟后施肥播种或在距离果树5厘米处开沟施肥；
环状沟施法：苹果、桃、柑桔等幼年果树，距树干20--30厘米，绕树干开一环状沟，施肥后覆土
放射状沟施：苹果、桃、柑桔等成年果树，距树干30厘米处，按果树根系伸展情况向四周开4--5个50厘米长的沟，施肥后覆土；
穴施法：点播或移栽作物，如玉米、棉花、西红柿等，将肥料施入播种穴，播种或移栽；
拌种法：玉米、小麦等大粒种子，用生物有机肥与种子拌匀后一起播入土壤；
蘸根法：对移栽作物，如水稻、西红柿等，按生物有机肥加水配成肥料悬浊液，浸蘸苗根，定植；
盖种肥法：开沟播种后，将生物有机肥均匀地覆盖在种子上面。