微生物发酵饲料中的有益菌本身即为一种高蛋白物质，在动物肠道内代谢可产生多种有助于动物营养消化的有益因，从而促进动物的生长发育和增重。如芽孢杆菌能分泌多种消化酶(蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶等)促进营养物质的消化与吸收;酵母菌可以产生氨基酸、多种维生素(K、C、B1、B2、泛酸、烟酸、生物素、肌醇和叶酸等)供动物体利用。
提高饲料消化利用率
单胃动物不能够有效地完全利用谷物。例如：猪的消化能力为15～25%。其限制因素是单胃动物不能够降解饲料中的纤维素。纤维包括非淀粉多糖、细胞壁和半纤维素以及果胶和木质素，是纤维和半纤维素的主要组成成分。通过微生物发酵，真菌能够有效降解纤维素和半纤维，从而有效地利用其糖类和能量。微生物发酵产品能够为动物提供更多来自纤维的能量。发酵饲料包含一定量的蛋白。添加发酵饲料能够提高对饲料蛋白的消化，以及满足动物的需要。
由于配方的复杂限制了动物对饲料的消化。其主要原因是植酸与矿物质、淀粉和蛋白形成螯合物，降低消化率。通过对猪添加发酵饲料能够降低15%氮的排放。通过对猪饲料添加发酵物的饲喂试验，发现能够显著提高饲料利用率，真菌还可以促进植酸酶的产生，提高对磷的利用率。例如，麦麸和大豆壳发酵饲料含有90千卡/kg能量和0.15%有效磷的利用。发酵饲料能够提高饲料转化率。在瑞士研究发现，发酵饲料能够提高育肥猪的生长速度，以及提高磷的利用。